Archiwum Państwowe w Krakowie Oddział w Bochni powstało w 1950 roku, jako oddział Wojewódzkiego Archiwum Państwowego w Krakowie. Od 1952 działało jako Powiatowe Archiwum Państwowe w Bochni (1952-1975), podlegające do 1957 roku Archiwum Wojewódzkiemu w Krakowie, a następnie Archiwum Państwowemu miasta Krakowa i województwa krakowskiego. Po reformie administracyjnej państwa w 1975 roku powstało Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Krakowie Oddział w Bochni (1976-1983). Po wprowadzeniu ustawy z dnia 14 lipca 1983 roku o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach, placówka w Bochni stała się oddziałem zamiejscowym Archiwum Państwowego w Krakowie.

Pierwszym przejętym przez Archiwum zespołem było archiwum staropolskie miasta Bochni zawierające akta powstałe w latach 1486-1787. W ciągu 50-letniej nieprzerwanej działalności na terenie miasta, Archiwum bocheńskie zaznaczyło swoją obecność uczestnicząc w obchodach kolejnych rocznic powstania miasta Bochni, wystawach historycznych organizowanych na terenie powiatu, sesjach naukowych. Na podstawie przechowywanych w Archiwum materiałów historycznych powstało wiele monografii miast i wsi regionu (np. "Bochnia. Dzieje miasta i regionu", "Uście Solne", "Szczurowa", "Pochodzę z Niedźwiady", "Dzieje wsi i parafii Gnojnik 1160-1939", "Lipnica Murowana - zarys dziejów"). W 1993 r. Archiwum nawiązało współpracę z Museo Storico Italiano della Guerra w Rovereto, której wynikiem była m.in. wystawa "I wojna światowa na terenie Galicji" ("Sui campi di Galizia") otwarta we Włoszech w 1995 r.